组织结构图分外部组织结构图和内部组织结构图。外部组织结构图重在描述和外部组织的接口，二级法人需描述其在母体组织中的地位以及与母体组织中其他机构之间的关系；一级法人则可以描述上级行政主管部门（如有的话）和有业务指导关系的机构。一级法人通常不必在手册中提供外部组织结构图。内部组织结构图应真实反映机构的内部设置，包括最高管理层的组成和分工、各管理部门和专业科室的设置、非常设机构的设立以及他们各自在实验室中的地位、作用和相互关系。内部组织结构和外部组织结构有时也可在一张图中表示出来。

组织结构框图中领导关系用实线。这里要注意的是，专业科室和管理部门虽然在行政级别上是平行关系，但由于管理部门的组织、协调和服务职能，在组织机构框图中有时可居于专业科室之上。管理部门可用实线和箭头指向表示他们与专业科室间的相互关系。非常设机构可用虚线方框表示，和最高管理层中的分管负责人之间用虚线相连，对二级法人的实验室，当技术保障和供应由实验室外的其他部门提供时，可用虚线相连。

在有的国际组织和国外检测/校准实验室提供的组织结构图中有这样一些情况：上下级之间的连线不带箭头；没有反映出非常设机构；方框中没有职能或职责的简单描述；管理部门和专业科室是并行关系，同样接受实验室最高管理层的领导等等。